Linux非root用户安装融合基因检测软件pizzly教程与cmake3.14和gcc.5.4安装

废话不多说,直接上干货。

1. 下载软件并安装

软件GitHub地址: https://github.com/pmelsted/pizzly

1
git clone https://github.com/pmelsted/pizzly.git
2
cd pizzly
3
mkdir build
4
cd build
5
cmake ..
6
make
7
make install

2. 解决安装过程中的bug

1.cmake版本太低导致安装失败,安装高于==cmake 3.0.0== 的版本。
cmake下载地址:https://cmake.org/download/ 选择自己需要的版本,我以cmake-3.14.0-rc4.tar.gz为例

1
tar zxvf cmake-3.14.0-rc4.tar.gz
2
cd cmake-3.14.0-rc4
3
./bootstrap
4
./configure --prefix=/path/to/your/directory
5
make
6
make install

将安装好的/path/to/your/directory/bin目录添加到~/.bashrc中,source一下。
检查cmake版本 cmake -v,出现版本号则安装完成。
2.gcc版本太低导致安装失败,安装高于==gcc 4.9==的版本。
gcc下载地址:http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/ 选择自己需要的版本,我以gcc-5.4.0.tar.gz为例
安装gcc需要安装几个依赖包GMP, MPFR 和 MPC,直接运行gcc-5.4.0目录下的 ==./contrib/download_prerequisites==,
接下来是配置编译选项,配置之前要记住很重要的一点,安装gcc不能在它的源码目录下直接配置,需要在它的目录下新建一个文件夹,然后进入这个文件夹配置并编译安装。

1
tar zxvf gcc-5.4.0.tar.gz
2
cd gcc-5.4.0
3
./contrib/download_prerequisites
4
mkdir directory
5
cd directory
6
../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++,fortran --disable-multilib --prefix=/path/to/install/gcc-5.4 --enable-threads=posix
7
make -j8 #线程数,不要邪恶,真不是故意写的
8
make install

安装好之后将下面两行添加到~/.bashrc中,source一下。
检查gcc版本 gcc -v,出现版本号则安装完成。

1
#添加到bashrc中,请自行更换目录
2
export PATH=/path/to/install/gcc-5.4/bin:/path/to/install/gcc-5.4/lib64:$PATH
3
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/install/gcc-5.4/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
4
#检查版本号
5
gcc -v
6
#gcc version 5.4.0 (GCC)

3.安装pizzly的==cmake==过程中报错
在这里插入图片描述
虽然安装了更高版本的gcc,但是还是使用了系统自带的gcc,将下列两行添加到~/.bashrc中,source一下。

1
#添加到bashrc中,请自行更换目录
2
CC=/path/to/install/gcc-5.4/bin/gcc
3
export CC
4
CXX=/path/to/install/gcc-5.4/bin/g++
5
export CXX

重新试一次,完美解决。
在这里插入图片描述
4.make install过程中报错
这一步是将生成的执行文件==pizzly==拷贝到/usr/local/bin/目录下,因为无root权限所以会出现错误,
将生成的==pizzly==添加到~/.bashrc中,source一下。

1
#添加到bashrc中,请自行更换目录
2
pizzly=/path/to/install/pizzly/build/pizzly
3
export pizzly

运行一下
在这里插入图片描述

3.安装完成。

有问题请留言或联系作者。